Mavi Bayrak Programına katılım, gönüllülük esasına dayanır. Belediyeler, marina yetkilileri, turizm işletmeleri Mavi Bayrak almak için TÜRÇEV’e (Türkiye Çevre Eğitim Vakfı) başvuruda bulunurlar.

Bu başvurular, kriterler kapsamında değerlendirilerek, uygun olanlar için gerekli dökümanlar hazırlanır ve Ulusal Jüri’nin onayına sunulur. Ulusal Jüri’nin uygun gördüğü plaj ve marinalar ile ilgili bilgiler TÜRÇEV tarafından FEE’ye (Uluslararası Çevre Eğitim Vakfı) gönderilir.

FEE, Uluslararası Jüriyi toplayarak Türkiye ile ilgili ve bu arada diğer ülkelerden gelen başvuruları da inceleyerek son kararını verir.

Ulusal Jüride, Kültür ve Turizm Bakanlığı, Çevre ve Şehircilik Bakanlığı, Sağlık Bakanlığı, Turizm Yatırımcıları Derneği, Türkiye Otelciler Birliği, Türkiye Seyehat Acentaları Birliği, Marina İşletme ve Yatırımcıları Derneği, TÜRÇEV ve Üniversite temsilcileri bulunur.  

Uluslararası Jüride ise, FEE, UNEP, EU, EUCC (kıyı ile ilgili sivil toplum örgütü) bulunur.

Mavi Bayrak Ödülü yalnızca 1 yıl için verilmektedir. Mavi Bayrak ödülü alan plaj ve marinalar sezon içerisinde denetlenmektedir. Bu denetlemeler sırasında herhangi bir sorunun tespit edilmesi halinde, sorun giderilinceye kadar Mavi Bayrak indirilmektedir.